รูปแปรต่าง ๆ ของไวรัสไข้หวัดใหญ่กลุ่ม A จะระบุและตั้งชื่อตามไวรัสที่คล้าย ๆ กันและดังนั้น จึงสมมุติได้ว่ามีเชื้อสายเดียวกัน (เช่นไวรัสที่คล้ายกับไข้หวัดใหญ่ฝูเจี้ยน)หรือตั้งชื่อตามสัตว์ถูกเบียนปกติ (เช่น ไวรัสไข้หวัดใหญ่มนุษย์)ตามชนิดย่อย (เช่น H3N8)และตามระดับอันตรายต่อชีวิตของมัน เช่น Low Pathogenic (LP) หรือ Highly Pathogenic (HP)ดังนั้น ไข้หวัดใหญ่ที่คล้ายกับไวรัส A/Fujian/411/2002(H3N2) จึงเรียกได้ว่า ไข้หวัดใหญ่ฝูเจี้ยน ไข้หวัดใหญ่มนุษย์ และไข้หวัดใหญ่ H3N2

รูปแปรบางครั้งตั้งชื่อตามสัตว์ที่สายพันธุ์นั้นเฉพาะเจาะจงหรือได้ปรับตัวให้เข้ากับ ไวรัสที่ตั้งชื่อโดยวิธีนี้รวมทั้ง

รูปแบบในสัตว์ปีกบางครั้งตั้งชื่อตามระดับอันตรายต่อชีวิตของเป็ดไก่เลี้ยง โดยเฉพาะไก่

• Low Pathogenic Avian Influenza (LPAI)
• Highly Pathogenic Avian Influenza (HPAI) หรือ deadly flu หรือ death flu

ส่วนชนิดย่อยของไวรัสไข้หวัดใหญ่กลุ่ม A ก็จะตั้งชื่อตามเลข H (สำหรับไกลโคโปรตีน hemagglutinin) และเลข N (ตามเอนไซม์นูรามินิเดส คือ neuraminidase)คือชนิดย่อยเป็นไวรัสกลายพันธุ์สายพันธุ์ต่าง ๆ ที่ก่อโรคลักษณะต่าง ๆ กันบางอย่างก่อโรคต่อสัตว์สปีชีส์เดียว บางอย่างต่อสัตว์หลายสปีชีส์สายพันธุ์โดยมากสูญพันธุ์ไปแล้วยกตัวอย่างเช่น ไข้หวัดใหญ่ชนิด H3N2 ที่เกิดทุกปีปัจจุบันไม่มีชนิดย่อยที่ก่อไข้หวัดใหญ่ฮ่องกงอีกต่อไป[19]

ไวรัสไข้หวัดใหญ่กลุ่ม A เป็นไวรัสอาร์เอนเอ (คือมีอาร์เอนเอเป็นมูลฐานการสืบพันธุ์) ที่เป็น negative sense, มีเส้นเดียว (ไม่ใช่ดีเอ็นเอซึ่งมีเส้นคู่) และแบ่งเป็นส่วน ๆ (segmented)"ไวรัสไข้หวัดใหญ่กลุ่ม A มีแอนติเจน HA 16 อย่าง (H1-H16) และแอนติเจน NA 9 อย่าง (N1-N9) จนกระทั่งเร็ว ๆ นี้ เรารู้จักไวรัสที่มีแอนติเจน HA เพียงแค่ 15 อย่างแล้วจึงแยกอีกสองอย่างได้ อย่างใหม่อย่างหนึ่ง (H16) ได้จากนกนางนวลหัวดำที่จับได้ในประเทศสวีเดนและเนเธอร์แลนด์ในปี 1999 แล้วรายงานในวรรณกรรมปี 2005"[20]"ส่วนอีกอย่างหนึ่งคือ H17 ได้จากค้างคาวผลไม้ที่จับได้ในประเทศกัวเตมาลาแล้วรายงานในวรรณกรรมปี 2013"[21]